За досягнення високих показників у навчанні та виконанні науково-дослідної та громадської роботи студентам медичного університету надаються переваги та соціальні пільги в межах повноважень навчального закладу, за рахунок власних коштів, коштів МОЗ і МОН України, благодійних вітчизняних та зарубіжних фондів, місцевих бюджетів, коштів установ, підприємств, організацій, фірм, окремих громадян, юридичних та фізичних осіб України та зарубіжжя:

• призначення стипендій Президента, Верховної Ради, Кабінету Міністрів, Київської міської державної адміністрації, Вченої ради НМУ, стипендій імені видатних вчених, благодiйних вiтчизняних та зарубiжних фондiв;
• отримання премiй Київської міської державної адміністрації, Студентської профспілкової асоціації м. Києва, Київської міської ради профспілки працівників охорони здоров’я та з ректорського фонду або з фонду профспілок;
• отримання безкоштовних та пiльгових путiвок у профспiлцi студентiв до спортивно-оздоровчих таборів, пансіонатів, будинків вiдпочинку;
• нагородження Почесною грамотою, грамотою, оголошення подяки із занесенням до особової справи;
• надання безкоштовних квиткiв на вiдвiдування театрiв, концертiв, інших культурно-освiтнiх закладів за рахунок профспiлкових коштiв;
• пріоритетне право розподілу до аспірантури, магістратури, клiнiчної ординатури та вибору місця працевлаштування;
• направлення на стажування за кордон;
• занесення до «Золотої книги Пошани» Університету.